Elecciones siguientes en junio, Lumumba se volvió primero ministro y Kasavubu  encabezan de estado. Sin embargo, brevemente después de que la independencia empezó el 30 de junio, la República del Congo (como la nación se llamó) empezó a ser tirado separadamente a través de rivalidades étnicas y personales, a menudo animado por intereses belgas. El 4 de julio, el ejército de Congolese se rebeló, y el 11 de julio, Moïse Tshombe declaró Katanga (ahora llamó Shaba) de que él era presidente provisional, para ser independiente. Había ataques en nationals belga que vive en el Congo, y Bélgica envió tropas al país para proteger a sus ciudadanos y también sus intereses de la minería. Sin embargo, la mayoría los sirvientes civiles belgas dejaron el país y cojean al gobierno así.

El 14 de julio, el ONU Seguridad Concilio votado para enviarle una fuerza al Congo para ayudar establece orden; bajo la Carta constitucional de ONU (como interpretado por Dag Hammarskjöld Secretaria-general), la fuerza no fue permitida intervenir en asuntos interiores y así no podría actuar contra la secesión de Katanga. Por consiguiente, Lumumba se volvió a la URSS para ayuda contra Katanga, pero en Sept. 5 él se despidió como primero ministro por Kasavubu y fue reemplazado por Joseph Ileo. En Sept. 14, Coronel Joseph Mobutu (Mobutu Sese Seko más tarde), la cabeza del ejército, el poder asido y despidió Kasavubu y " Ileo. En Dic. 1, Lumumba que probablemente tenía lo siguiente nacional más grande de cualquier político de Congo fue arrestado por el ejército; él fue asesinado mientras intentando escapar encarcelamiento en Katanga en medio-feb según se alega., 1961.

A finales de 1960 el Congo era dividido en cuatro partes cuasi-independientes: Mobutu sostuvo el oeste, incluso Kinshasa (entonces llamó Léopoldville); Antoine Gizenga, el sucesor mismo-llamado a Lumumba, controló el este de Kisangani (entonces llamó Stanleyville); Alberto Kalonji controló S Kasai; y Tshombe encabezó Katanga, ayudado por belga y otros soldados extranjeros. La secesión de Katanga, con sus grandes recursos minerales, debilitó al gobierno nacional particularmente. En Feb., 1961, Ileo se hizo primero ministro, con Kasavubu como cabeza de estado, de nuevo. En abril, Tshombe fue arrestado por el gobierno central, pero se libró en junio después de estar de acuerdo en acabar la secesión de Katanga. Sin embargo, en julio, Tshombe estaba proclamando la independencia de Katanga de nuevo. En el mismo mes Cyrille Adoula se hizo primero ministro.

En agosto las fuerzas de ONU empezaron a tomar un papel activo en asuntos de Congo desarmando a soldados de Katangese; en Sept. 18, Hammarskjöld secretaria-general se mató en una caída aérea mientras en su manera a una reunión con Tshombe. En noviembre, Mobutu lanzó un ataque en Katanga apuntó a acabar la secesión, y en diciembre, se comprometieron ONU y fuerzas de Katangese en batalla. Un cesación-fuego fue colocado pronto, pero a lo largo de 1962, Tshombe mantuvo su posición independiente y en Dic., 1962, renovó ONU-Katanga luchando pelado fuera. Tshombe fue obligado a ceder rápidamente, y en Ene., 1963, estaba de acuerdo en acabar la secesión de Katanga. Sin embargo, la escena nacional permanecía desconcertada; Adoula no ordenó mucho apoyo, las finanzases del gobierno eran débiles, y había agitación considerable por los seguidores de Lumumba.

Al final de junio, 1964, las últimas tropas de ONU se retiraron del país. En desesperación, Kasavubu fijó a primero ministro de Tshombe en julio, 1964, pero este movimiento producían rebeliones de gran potencia. El 4 de agosto de 1964, en Kisangani, se había declarado la República Popular del Congo que, bajo la direción militar de Pierre Mulele y Joseph Kabilia, controlaba el 50 % del territrorio del pais. Con la ayuda de la armada americana, tropas belgas, y los mercenarios blancos, el gobierno central recobró el mando del país gradualmente; el 24 de voviembre de 1964, los aviones americanos aterrizaron tropas belgas en Kisangani, acabando con la república socialista que había nacido tres meses antes. La política nacional permanecía turbulenta, resaltado por un ruido entre Kasavubu y Tshombe. En mid-1965, Kasavubu fijó Evariste primero ministro de Kimba. En Nov., 1965, Mobutu intervino de nuevo, despide Kasavubu y se proclama presidente; Tshombe huyó a España. (En 1967, Tshombe se secuestró y se tomó a Argelia; él se murió en 1969.) En 1966 y 1967 había varias rebeliones efímeras (notablemente en Kisangani y Bukavu), y en 1966 un golpe de estado intentado por Kimba se derrotó.