En 1891, el paleontólogo holandés Eugène Dubois descubrió los restos fósiles del llamado hombre de Java (Pithecanthropus erectus) que datan de la época del Pleistoceno, cuando Indonesia estaba unida con el continente asiático. Las características raciales indonesias son el resultado de al menos dos oleadas de invasiones desde el sur de China a través de la península de Malaca y de los matrimonios de estos indonesios con los inmigrantes posteriores, especialmente de la India. Los grupos de población importantes de la actualidad descienden de los inmigrantes de la segunda ola, que ocurrió alrededor del siglo I aC 2 º o 3er. Subyugaron y absorbió la mayor parte de los demás habitantes. Influencias indias impregnado Java y Sumatra, desde el 1 hasta el siglo séptimo. Durante este período y se extiende hasta el siglo 15, los gobernantes locales budistas e hindúes establecido una serie de reinos poderosos. Entre los más poderosos de ellos fue el reino budista de Srivijaya, establecida en Sumatra en el siglo séptimo, que prosperó por hacerse con el control del comercio a través del Estrecho de Malaca. Al este, en el centro de Java, la dinastía Sailendra estableció su reino budista en el siglo octavo. Las reliquias de la regla Sailendra incluyen el gran templo de Borobudur, el mayor monumento budista de Asia, con cientos de bajorrelieves que representan la vida de Buda. Para tener éxito en la dinastía Sailendra 856 eran seguidores del dios hindú Shiva, los cuales sivaístas construyó el gran templo de Prambanan, al este de Yogyakarta. Otros reinos hindúes posteriormente se extendió hacia el este, la influencia india en el este de Java y Bali. El último de ellos fue el reino hindú de Majapahit, que estaba en el apogeo de su poder durante el siglo 13, cuando Marco Polo visitó Java y Sumatra del Norte. Cuando Majapahit se derrumbó alrededor de 1520, muchos de sus líderes, según la tradición, huyó a Bali, la única isla en Indonesia, que conserva el hinduismo como religión principal. Incluso antes de Majapahit se desintegró, misioneros musulmanes, probablemente los comerciantes persas, había comenzado a ganar gran parte del archipiélago para el Islam. Alrededor de este tiempo, también, llegaron los primeros europeos, y las colonias chinas se hicieron primero. Los portugueses capturaron Malacca (Melaka), en la costa oeste de la península de Malaca, en 1511 y de control establecidos sobre el archipiélago.

Barcos holandeses visitaron Java en 1596. Los holandeses llegaron en mayor número y pronto expulsó a los portugueses del archipiélago (a excepción de la mitad oriental de la isla de Timor), a partir de casi 350 años de dominio colonial. Los Estados Generales de la República de Holanda en 1602 incorporó a los comerciantes de especias de las Indias Orientales como la Compañía de las Indias Orientales y le otorgó el monopolio de la navegación y el comercio y el poder de hacer alianzas y contratos con los gobernantes de Oriente. Por la fuerza y ​​la diplomacia, la compañía se convirtió así en el gobernante supremo de lo que se conocía como las Indias Orientales Holandesas. Sin embargo, la mala administración y la corrupción debilita la compañía después de sus primeros años de prosperidad, y el gobierno holandés anulado sus estatutos en 1799 y se hizo cargo de sus asuntos en el año 1800. La British East India Company gobernó la India durante las guerras napoleónicas, desde 1811 hasta 1816. Durante este período, Sir Thomas Stamford Raffles se convirtió en gobernador de Java. Cuando el gobierno holandés fue restaurado, el gobierno holandés estableció el "sistema cultural" en Java, en las que los javaneses, en lugar de pagar un determinado porcentaje de sus cosechas como impuesto, están obligados a poner a disposición del gobierno de una parte de sus tierras y mano de obra y para sembrar cultivos para la exportación, bajo la dirección del gobierno. Desde el punto de vista fiscal, el sistema tuvo mucho éxito, produciendo millones de florines para el tesoro Países Bajos, pero este "beneficio neto" o la política "favorable balance" cayó bajo el ataque aumentando moral en los Países Bajos y fue llevado a un extremo de 1877. A partir de entonces, el capital privado holandés se trasladó a las Indias, pero el aumento de la prosperidad holandesa, a expensas del nivel de vida de Indonesia se resentía cada vez más. Con la adopción de lo que los administradores coloniales llamada "política ética" al principio del siglo 20, los primeros pasos se dieron para dar participación en el gobierno de los indonesios. Un órgano representativo del centro, el Volksraad, fue instituido en 1918. Al principio sólo tenía facultades de asesoramiento, pero en 1927 se le dio poderes colegisladores. Un movimiento nacionalista de Indonesia comenzaron a desarrollar durante esos años y cada vez cobraba fuerza. Aunque con retraso en la década de 1930 por la depresión económica mundial, que se sintió con fuerza en Indonesia, el movimiento revivió durante la ocupación japonesa (1942-45) en la Segunda Guerra Mundial. Un grupo nacionalista bajo el liderazgo de Sukarno y Hatta proclamaron Mohammad en una república independiente el 17 de agosto de 1945, adoptó una constitución provisional que prevé una forma de gobierno presidencial fuerte, formó un gobierno revolucionario, y resistieron reocupación holandés. Después de cuatro años de negociaciones intermitentes, las hostilidades frecuentes y la intervención de la ONU, los Países Bajos accedió a las demandas de Indonesia.

Sukarno se convirtió en el primer presidente de la nueva nación en 1949, y el vicepresidente Hatta. Dificultades internas, fomentada por una multiplicidad de partidos políticos heredados de la época colonial holandesa, poco desarrollados, y las rivalidades regionales también se ve amenazada la unidad de la nueva nación. Entonces, como ahora, Java tenía cerca de dos tercios de la población del país, pero las grandes fuentes de riqueza se encuentra en las otras islas, y mucho menos densamente pobladas. Los que viven en las islas exteriores llamados cree ingresos gubernamentales demasiado se gasta en Java y también en otros lugares poco. Después de vicepresidente Hatta, una de Sumatra, renunció en diciembre de 1956, muchas de las islas exteriores sentían que habían perdido su principal vocero y más eficaz en Yakarta. Territorial comandantes del ejército en Sumatra organizado golpes y desafió al gobierno central, otros movimientos rebeldes desarrollado en Sulawesi. El gobierno tomó medidas que ofrezcan una mayor descentralización fiscal y administrativa, pero se mantuvo el descontento y las rebeliones fueron sofocadas por la fuerza. A partir de entonces, Sukarno procedimientos parlamentarios dejadas de lado y siguió una vez más autoritario, anti-occidental de la política de "democracia guiada". En 1959, decretó el retorno a la Constitución de 1945, que prevé un sistema centralizado de gobierno, y consolidó su control. El 27 de diciembre de 1949, el holandés reconoció la independencia de todas las antiguas Indias Orientales Holandesas, excepto Nueva Guinea Occidental (Irian Jaya), como la República de los Estados Unidos de Indonesia. Unos meses más tarde, el 17 de agosto de 1950, el sistema federal fue rechazada y un estado unitario, la República de Indonesia, se estableció bajo una nueva constitución. Nueva Guinea Occidental permaneció bajo control holandés hasta octubre de 1962, cuando los Países Bajos en el territorio transferido a la Administración de las Naciones Unidas Ejecutiva Temporal (UNTEA). El 1 de mayo de 1963, Indonesia se completa posesión del territorio en disputa como la provincia de Irian Barat (Irian Occidental), la provincia pasó a llamarse Irian Jaya en 1973. Indonesia, que tiene por objeto la adquisición de Sarawak y Sabah (que están en la isla de Borneo con Kalimantan), se opuso a la formación de la Federación de Malasia en septiembre de 1963 y anunció una "aplastar a Malasia" política. Esta política fue implementada por las incursiones guerrilleras en el territorio de Malasia que se prolongó hasta agosto de 1966, cuando un tratado formal concluido entre los dos países.

Agitación comunista en el país y levantamientos secesionistas en el centro y este de Java llegó a un punto en el Movimiento 30 de septiembre bajo la dirección del teniente coronel Untung. Sukarno, cuya política exterior se había vuelto cada vez más hacia la China comunista, pudo haber tenido conocimiento previo de la intentona golpista dirigida por los comunistas el 30 de septiembre de 1965, que fue dirigida contra los mejores militares de Indonesia, el golpe fue aplastado de inmediato por el ejército, sin embargo, y en los siguientes anti-comunista purgas más de 100.000 personas (en su mayoría chinos indonesios) perdieron la vida y otras 700.000 fueron arrestados. A mediados de octubre, el ejército, bajo el mando del general Suharto, tenía el control virtual del país. El 12 de marzo de 1966, tras casi tres semanas de disturbios estudiantiles, el presidente Sukarno transferido a Suharto la autoridad para tomar, en nombre del presidente, "todas las medidas necesarias para la custodia y la estabilidad de la administración pública." En marzo de 1967, la Asamblea Consultiva del Pueblo (Majetis Permusyawaratan Rakyat-MPR) votó unánimemente para retirar el poder gubernamental a todos de Sukarno y Suharto general nombrado presidente interino. Un año más tarde, le confirió plenos poderes presidenciales en Suharto, y prestó juramento como presidente para un mandato de cinco años. El Congreso también acordó posponer las elecciones generales en 1968 hasta 1971. Sukarno murió en junio de 1970. El 3 de julio de 1971, las elecciones nacionales y regionales se celebraron para la mayoría de los escaños en los órganos legislativos. La Secretaría Conjunta de los Grupos Funcionales (Sekber Golongan Karya-Golkar), un frente político de masas apoyado por Suharto, ganó el 60% del voto popular y surgido en el control de la Cámara de Representantes (DPR) y el MPR.

Suharto toma el control

En marzo de 1973, el MPR Suharto elegido para un segundo mandato de cinco años. Así, Suharto, con el apoyo clave de los militares, comenzó un largo período de dominio sobre la política indonesia. Bajo Suharto "Nuevo Orden", se convirtió Indonesia hacia el oeste y comenzaron a seguir un curso económico conservador hincapié en el desarrollo de capital e inversión extranjera. En asuntos exteriores, el gobierno de Suharto logró mucho mejorar los lazos con Estados Unidos, Japón y Europa occidental, mientras que el mantenimiento de vínculos con la URSS.

El 7 de diciembre de 1975, tras la retirada de Portugal de Timor Oriental, una lucha de poder se desarrolló entre los distintos grupos políticos, incluido el Frente Revolucionario de Timor Oriental Independiente (Frente Revolucionario de Timor Este Independiente-Fretilin). El movimiento independentista de izquierda logró el dominio militar que obligó al gobierno de Indonesia para enviar tropas a la ex colonia portuguesa y asumir el control total del territorio. El 17 de julio de 1976, el gobierno de Suharto incorporar el territorio como una provincia de Indonesia. Esta acción no fue reconocido ni por la ONU, que insta a Indonesia a retirarse y permitir que los timorenses el derecho a la autodeterminación, ni aceptado por Fretilin. El descontento con el régimen de Suharto montado después de las elecciones de 1977, en el que Golkar de Suharto partido obtuvo la mayoría absoluta. El gobierno reconoció la celebración de 31.000 presos políticos, según Amnistía Internacional, el total fue de cerca de 100.000. Revueltas estudiantiles y la crítica de la represión gubernamental dio lugar a las medidas gubernamentales más: la actividad política fue suspendida, y los principales periódicos fueron cerrados temporalmente. Suharto fue elegido por la MPR de un tercio de cinco años en 1978, a finales de 1977 y 1978, unos 16.000 presos políticos fueron puestos en libertad, y el resto de los detenidos en 1965 fueron puestos en libertad a finales de 1979. Golkar hecho mayores avances en las elecciones de 1982, y Suharto fue elegido para un cuarto mandato de cinco años 03 1983.

Para fortalecer al gobierno frente a la creciente militancia musulmana, Suharto comenzó a restablecer Sukarno como un héroe nacional de ocho años después de su muerte. Suharto pidió una mayor lealtad de todos los grupos políticos a la Pancasila ("cinco principios") enmarcada por Sukarno en 1945. El credo que abarca la creencia en el ser supremo, el humanitarismo, la unidad nacional, la democracia de consenso, y la justicia social. Los grupos musulmanes se opusieron firmemente al programa del nuevo gobierno y que organizó manifestaciones que tuvieron lugar en 1984 y 1985. La guerra contra el Fretilin continuó en la década de 1980, con los informes de matanzas cometidas por las tropas del gobierno y de las graves penurias económicas entre los timorenses. Las negociaciones con Portugal, todavía se considera responsable de la descolonización de la ONU, comenzó en julio de 1983. En Irian Jaya, la Organización para una Papúa Libre (Papua Merdeka Organisasi-OPM), que desea la unificación con Papua Nueva Guinea y ha estado activo desde la década de 1960, el aumento de sus actividades militantes en 1986. El Ejército de Indonesia (ABRI) siguió desempeñando una doble función militar y socioeconómico, y este papel fue apoyada por la legislación en 1988. Golkar hecho mayores avances en las elecciones de 1987, y Suharto fue reelegido de nuevo para un quinto mandato de cinco años 03 1988. Durante los desacuerdos sobre los procedimientos de nominación para influir en la vicepresidencia ABRI fue erosionado.

Golkar buscó crear la unidad nacional a través de sus políticas de reasentamiento. Desde 1969 hasta 1992, el programa de transmigración, una política de redistribución de la población objetivo en Indonesia por razones políticas y por razones demográficas como resultado casi 1.488.000 familias se mudaron de las islas interiores de las islas exteriores. El programa de transmigración sufrido conflictos de tierras con los residentes locales y las preocupaciones ambientales por la deforestación. El programa enajenado las poblaciones locales y los conflictos étnicos impulsado en todo el país. En Irian Jaya, el Movimiento de Liberación de Papua (OPM), trató de sabotear el programa del gobierno que se estaba convirtiendo la mayoría indígenas de Melanesia en una minoría. Las tropas indonesias tratando de capturar los separatistas melanesios que cruzar la frontera con Papúa Nueva Guinea. Indonesia y Papua Nueva Guinea accedió a proporcionar una mayor cooperación en temas de seguridad y el comercio y el líder de la OPM, Melkianus Salossa, fue finalmente detenido en Papua Nueva Guinea y deportado a Indonesia y condenado a cadena perpetua en 1991. En 1989, la tensión de conflictos de tierras en Java y las islas exteriores producido un malestar social que dio lugar a enfrentamientos entre los pobladores y las fuerzas armadas. En 1990 una rebelión armada en el norte de Sumatra en Aceh se levantó sobre la hostilidad hacia la explotación de los recursos minerales del gobierno y su programa de transmigración. El gobierno aplastó la rebelión con un masivo despliegue de la fuerza.

Apertura política fue expuesta cada vez más el período de 1990-91 por organizaciones políticas y sindicales. En 1990 un grupo de indonesios destacados pidieron públicamente que Suharto retirarse de la presidencia al final de su actual mandato, en 1991 la conflictividad laboral aumentó con una ola de huelgas, que fue llamado al ejército para reprimir. Los esfuerzos del gobierno para recaudar fondos a través de una lotería estatal se opusieron y finalmente prohibido por motivos religiosos, cuando el país es la máxima autoridad islámica declaró la lotería "haram" o prohibidos.

El 12 de noviembre de 1991, durante el funeral de un timoreses jóvenes asesinados en las manifestaciones contra el gobierno de Indonesia de Timor Oriental, los soldados abrieron fuego contra los asistentes de indefensión que provoca la condena mundial. Aunque el gobierno tomó medidas sin precedentes para castigar a los responsables, los gobiernos occidentales amenazaron con suspender la ayuda, y las demandas fueron hechas vincular la ayuda a las cuestiones de derechos humanos. La demanda de los Países Bajos vincular su ayuda a la mejora de los derechos humanos fue rechazada cuando Suharto se negó la ayuda económica holandesa el 25 de marzo de 1992. A raíz de estos acontecimientos Suharto habló en la Cumbre del Movimiento de Países No Alineados en Yakarta y en la Asamblea General de la ONU que sugiere que las naciones en desarrollo necesitan tomar un papel más prominente en la oposición Norte-Sur, la desigualdad económica. Desafío de Suharto recibió una fría recepción de las naciones occidentales, pero está claro que marcó una nueva evaluación de los futuros presencia internacional de Indonesia. A principios de diciembre las fuerzas del gobierno capturaron 1992 José Alexandre (Xanana) Gusmao, líder del Fretilin, que estaba escondido en Dili, en Timor Oriental. El 21 de mayo de 1993 fue sentenciado a cadena perpetua. A finales de 1992, las tensiones entre musulmanes y cristianos aumentó hasta el punto de violencia y vandalismo de iglesias y mezquitas. Suharto pidió que la tolerancia religiosa se practica. En 1993 la política de EE.UU. hacia Indonesia pasó a la crítica del gobierno de Indonesia en Timor Oriental, y una amenaza de revocar los privilegios comerciales de conformidad con el tratamiento de Indonesia de la mayor sindicato independiente, el SBSI (Unión del Trabajo de Indonesia Próspero). Adición de un examen más detallado de manchado la imagen internacional de Indonesia fue una resolución de la ONU sobre violaciónes de los derechos humanos de Indonesia, que sitúa al país en un derecho "ver" la lista en 1993.

A pesar de su participación total de los votos se negó, Golkar ganó las elecciones de 1992, asegurando 282 de los 400 puestos electivos. En marzo de 1993, Suharto fue elegido para un sexto mandato como presidente. Try Sutrisno, el comandante en jefe de las ABRI, fue elegido como vicepresidente. A pesar de la victoria Golkar, el país continuó experimentando dificultades económicas y políticas. Un gran escándalo se produjo en marzo de 1993 con la venta de $ 5 millones en acciones falsas en la Bolsa de Yakarta (JSE). En enero de 1994 el presidente Suharto inauguró 12 plantas de energía eléctrica con una capacidad instalada combinada de más de 2.000 MW. Conflictos laborales estallaron violentos en Medan en abril de 1994 con la misteriosa muerte de un activista sindical. De origen chino, que sólo el 3% de la población de Indonesia, fueron el blanco de los manifestantes, un gerente de la fábrica china fue asesinado. El éxito de los chinos es muy envidiado y que están acusados ​​de explotar a los trabajadores. El 21 de junio de 1994 el gobierno cerró Tempo y otras dos publicaciones de la revocación de licencias de publicación. Tempo fue acusado de violar el código de ética periodística y la picadura de una persona contra otra hasta el punto en que afectaba a la seguridad nacional en función de su cobertura de una compra de 39 buques de guerra controversial de la primera marina de guerra de Alemania del Este. Otras publicaciones fueron acusadas de infracciones más técnica, incluido el incumplimiento de los procedimientos de registro y publicación de información política y general, a pesar de las restricciones de licencia que limita la cobertura de un tabloide popular de las historias de detectives y las historias de crimen.

Estallidos de violencia, enfrentamientos y disturbios aumento en Indonesia de 1995-97. Los disturbios entre católicos y musulmanes estalló en Timor Oriental en septiembre de 1995, dejando el mercado central de Dili en cenizas. Esto fue antes de obispo romano de Timor Católica, Carlos Filipe Ximenes Belo, y partidarios de la independencia José Ramos-Horta abogado compartió el Premio Nobel de la Paz en 1996. Muchos incidentes de descontento rural, incluyendo disputas por la tierra y las luchas étnicas, continuó en 1995-1996. La campaña para el 29 de mayo las elecciones de 1997 fue un una violencia inusitada, conocido como el "festival de la democracia", como los votantes y los manifestantes trajeron piedras, ladrillos, cuchillos, machetes, y las serpientes, incluso a la campaña. Hubo una prohibición de los desfiles de camiones, coches y motos. Esto siguió a la conmoción resultante de la expulsión de Megawati Sukarnoputri como el Partido Democrático de Indonesia presidente en junio de 1996. Su compromiso político fue visto como un punto de encuentro para el cambio democrático. Golkar tomó el 74% de los votos en las elecciones que se considera que estará marcada por el fraude y más de 200 personas murieron durante la campaña. El musulmán orientado Unidas para el Desarrollo (PPP) obtuvo el 22% y el 3% fue a la PDI.

En otros hechos de violencia, cientos de personas perdieron la vida en una guerra étnica a gran escala en Kalimantan, como los enfrentamientos entre los Dayaks, los pueblos indígenas de la zona, y colonos musulmanes de la isla de Madora, estalló en diciembre de 1996. La lucha llevó a la parte final de Malasia de la frontera con Indonesia en febrero de 1997. En 1997, el país experimentó el doble efecto de aumento de los conflictos étnicos y el declive económico. Estas dos fuerzas fueron el presagio de la decadencia del Golkar y la partida de Suharto en Indonesia de la política. En mayo de 1997 las elecciones legislativas, Golkar logró obtener supuestamente el 74,3% del voto popular, en medio de la violencia masiva que mató a más de un centenar de activistas políticos. La violencia continuó después de las elecciones y se vio agravada por la crisis económica asiática. Después de devaluación de la rupia en agosto y octubre de 1997, Suharto aceptó un Fondo Monetario Internacional (FMI), paquete de préstamos, pero no para llevar a cabo las condiciones impuestas por el FMI para la reforma económica. En diciembre, las noticias del empeoramiento de la salud física de Suharto también ponen en duda su capacidad de ver Indonesia a través de un empeoramiento de la situación económica y política.

Después de Suharto ganó una elección presidencial sin oposición en marzo de 1998 las protestas estudiantiles barrió Yakarta y las tensiones étnicas también creció como comerciantes chinos fueron atacados. En Timor Oriental, José Ramos-Horta, instó al gobierno a aceptar un alto el fuego y la cooperación con las Naciones Unidas para determinar la estructura de gobierno definitiva para el país. El 21 de mayo de 1998, Suharto renunció a la presidencia, después de que cientos de personas perdieron la vida, el saqueo se extendió por la capital, y miles de extranjeros que viven o trabajan en Indonesia fueron evacuadas en meses de disturbios. BJ Habibie, el ex vicepresidente, fue juramentado como presidente. Al asumir la presidencia, adoptó una postura conciliatoria hacia la distensión de la crisis de Timor Oriental al afirmar que Timor Oriental se puede dar "estatus especial" con una mayor autonomía dentro de Indonesia. En agosto de 1998, Portugal e Indonesia, se reunieron para discutir el futuro de la provincia. Después de una gran presión de las Naciones Unidas, Australia y Portugal, Habibie acordado el 27 de enero de 1999 a celebrar un referéndum para la provincia. A pesar de la violencia generalizada promovida por la milicia armada pro-Indonesia, el 98% de los votantes a las urnas el 30 de agosto, con el 78,5% a favor de la independencia. Esto fue seguido por una masacre por las fuerzas pro-Indonesia, que saquearon y quemaron toda la provincia la creación de una situación humanitaria grave y crisis de los refugiados. Con la ayuda de las tropas australianas, las Naciones Unidas intervinieron con unos 8.000 soldados para restablecer el orden y establecer programas de ayuda humanitaria. Mientras tanto, en Irian Jaya y Aceh, las fuerzas militares y la policía nacional continuaron cometiendo ejecuciones extrajudiciales en el año 2000.

Futuro político de BJ Habibie se desvaneció tras el referéndum patrocinado por la ONU en Timor Oriental. Su estado de la dirección nacional de la Asamblea Consultiva del Pueblo en octubre de 1999 no disipar la percepción de que no había ejercido el liderazgo adecuado en el manejo de los asuntos nacionales e internacionales. La presión sobre Habibie montado y que posteriormente renunció como resultado de un voto de censura. En las elecciones del 20 de octubre en la Asamblea Consultiva del Pueblo, las primeras elecciones libres en 44 años, Abdurrahman Wahid, el líder del Partido Despertar Nacional y un clérigo musulmán casi ciego, se contrapuso a Megawati Sukarnoputri. Megawati partido ganó la mayoría de votos, pero en lugar de negociar con otros políticos para formar una coalición, Megawati permitió a los Wahid más experiencia para ser presidente. A pesar de las protestas de sus partidarios, Megawati pidió partidarios que se abstengan de protesta violenta. Ella se convirtió en vicepresidente. Wahid trabajado para limitar la influencia de las principales reformas militares y prometió en el gobierno.

En julio de 2001, Wahid declaró el estado de emergencia y ordenó el Parlamento disuelto, después de meses de oposición de los legisladores sobre la competencia de su administración. El 23 de julio de 2001, los legisladores de la Asamblea Consultiva Popular votó 591-0 para eliminar Wahid de la presidencia. Había sido acusado de corrupción e incompetencia, de ser acusado de malversación de EE.UU. $ 4.1 millones en fondos estatales y aceptar ilegalmente EE.UU. 2 millones de dólares del Sultán de Brunei. Fue absuelto de todos los cargos que de mayo, pero el Parlamento continúa insistiendo en el juicio político basados ​​en la insatisfacción con su administración. Megawati fue juramentado como presidente inmediatamente después de la eliminación de Wahid.

Megawati, un musulmán que es, sin embargo se identificó con su secular nacionalista-políticas, ante las manifestaciones al asumir el cargo de los estrictos fundamentalistas islámicos se pide la creación de la ley Sharia. Ella también tuvo que enfrentar el movimiento independentista de Aceh, ya que más de 1.000 personas murieron en la provincia en 2001, sumándose a los miles de personas más que habían sido asesinados en la última década. Megawati expresaron su apoyo a la encabezada por Estados Unidos lucha contra el terrorismo después de los ataques del 11 de septiembre terror de 2001 sobre el World Trade Center y el Pentágono, y visitó los Estados Unidos la semana siguiente.

Después de la caída de Suharto, Indonesia experimentó un resurgimiento de la actividad islámica. Las organizaciones extremistas islamistas en Indonesia principales son Darul Islam, el Frente de Defensa Islámica y la Jihad Laskar. Laskar Jihad es la más destacada y organizada de las organizaciones radicales islamistas de Indonesia, y entre 300 a 400 nuevos miembros se unieron en el primer mes después de los atentados del 11 de septiembre. El 12 de octubre de 2002, Indonesia experimentó su propia ataque terrorista. Dos clubes nocturnos en la ciudad turística de Kuta en la isla de Bali fueron bombardeados, causando la muerte a más de 190 personas, la mayoría jóvenes turistas occidentales. Muchas de las víctimas procedían de Australia. El 18 de octubre, el Presidente Megawati emitió un decreto de emergencia para dar al gobierno mayores poderes para combatir el terrorismo. Este acto se produjo después de las críticas internacionales dirigidas a su gobierno por no tomar las medidas necesarias para abordar el problema del terrorismo. Megawati permitido la detención de Abubakar Bashir, un clérigo musulmán que es el líder espiritual de Jemaah Islamiyah. Jemaah Islamiyah fue acusada de organizar el atentado de Bali. Que tiene vínculos con la organización al-Qaeda.

Después de su referéndum sobre la independencia celebrado en agosto de 1999, Timor Oriental fue gobernada por la UNTAET (Administración de las Naciones Unidas en Timor Oriental), y un Consejo Consultivo Nacional. Una asamblea constituyente fue elegida en septiembre de 2001 con la tarea de redactar una constitución para el país. En abril de 2002 José Alexandre "Xanana" Gusmão fue elegido presidente, y el 20 de mayo 2002 Timor Oriental se convirtió en una nación independiente.

En junio de 2000, 2.500 activistas que representan a 250 grupos tribales de Irian Jaya declaró a la región-que ellos llaman de Papúa Occidental, un estado soberano. La región se le concedió una autonomía limitada por el Parlamento en octubre de 2001, pero muchos de sus habitantes, incluyendo los rebeldes independencia, rechazaron la medida y pidió la plena independencia. El 9 de diciembre de 2002, el gobierno y los separatistas del Movimiento Aceh Libre (GAM) firmaron un acuerdo de paz para poner fin a más de tres décadas de violencia. El acuerdo prevé la autonomía y las elecciones libres en Aceh, a cambio, el GAM se desarme.

Fuentes : Library of Congress y Encyclopedia of the Nations traducido automáticamente por Google

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