Cuenta con una región continental y otra insular formada por las islas de Bioko, Annobón, Corisco, Elobey Grande y Elobey Chico. El territorio de Río Muni es una llanura pantanosa que se eleva hacia el interior y que culmina con una cordillera de hasta 1200 m. Las islas de Annobón y Bioko , donde se encuentra el monte más alto del país, el pico de Santa Isabel, de 3007 mts., son de origen volcánico. 

Los ríos principales son el Campo, Mbini y Muni. 

Tiene un clima ecuatorial, muy lluvioso, con una temperatura media anual de 25º C y precipitaciones de hasta 2000 mm.