Tras el golpe de estado de 2003 que depuso al Presidente Kumba Yala, Henrique Rosa fue escogido por las autoridades militares para encabezar el Gobierno Provisional encargado de preparar les elecciones presidenciales de marzo de 2005.

Hasta esa fecha, su única actividad política había sido durante las primeras elecciones multipartidarias de Guinea Bissau, en 1994.

Según se dijo, se oponía a aceptar el cargo, siendo convencido por el obispo católico José Camnate que encabezaba el comité nombrado por el ejército para preparar un gobierno de transición.