Política burundesa

En 1995 se incorpora al principal grupo guerrillero, el FDD (Fuerzas de Defensa de la Democracia). En 2005 explicaba así su decisión de tomar las armas : "Fue algo complejo. Queríamos protegernos y proteger a la poblacion inocente, al tiempo que restablecer la democracia y la paz. Había que parar las masacres que el ejército cometía a lo largo y ancho de todo el país. Al mismo tiempo, queríamos demostrar a los hombres que también éramos capaces de luchar como ellos. Luchábamos por el futuro de nuestros hijos."

Antes de que en noviembre de 2003 se firmara la paz y el FDD se sumara a la lucha política para el restablecimiento de la democracia, Ngandanganya llegaría a ocupar el puesto de coronel de dicho ejército.