Estudió en la Real Academia Militar de El Cairo. En 1948 participó en la primera guerra palestina contra el recién creado Estado de Israel. En ese tiempo es reclutado para el grupo de Oficiales Libres, con el fin de aumentar su credibilidad. el 23 de julio de 1952 es derrocado el rey Faruk y Naguib es parte fundamental en el derrocamiento, poniendo al hijo, Fuad II, en el trono. Naguib se convierte en comandante en Jefe del Ejército. En septiembre de ese año se convierte en Primer Ministro y miembro del Consejo de Regencia. Sin embargo, el verdadero poder de Egipto reside en el Consejo Revolucionario de Comandantes (RCC), que consta de 9 oficiales.

El 18 de julio de 1953 se convierte en el primer Presidente de la República egipcia, primer ministro y presidente de la RCC. Aun siendo uno de los miembros más respetados de los Oficiales Libres, la mayoría de éstos consideran que su política como Presidente es demasiado conservadora e influenciado por el islamismo. Su carrera política terminó cuando favoreció el régimen parlamentario, que sus compañeros de Oficiales Libres se oponían.

Se le consideraba un hombre honesto y valiente. Esto allanó el camino para su carrera política, aunque en este cargo, fue utilizado principalmente por los demás. Abdu l-Gamal Nasser necesitaba su popularidad para dar legitimidad a la república recién formada egipcio.

En febrero de 1954 es retirado de sus cargos como Presidente, Primer Ministro y Presidente de la RCC, sólo para ser reinstalado a los pocos días. Pero el 14 de noiembre de ese mismo año, la lucha por el poder entre Naguib y Nasser llega a su cenit. Naguib tiene que dimitir de su cargo, y es sucedido por Nasser. Naguib está acusado de haber colaborado con la Hermandad Musulmana y de intentar asesinar a Nasser en octubre. Se le pone bajo arresto domiciliario, situación que se mantendrá los siguientes 17 años, hasta que en 1971, un nuevo Presidente, Anwar al-Sadat le levanta la prisión domiciliaria.