Nació en 1975, en Addis Abeba, Etiopía. Tras obtener la licenciatura en Derecho en la Universidad de Addis Abeba trabajó como abogada primero y como jueza, después, en el distrito 3 de la judicatura federal.

Tras ejercer varios años como jueza y comprobar como el ejecutivo se imponía a los jueces, no respetando las sentencias cuando éstas no eran de su agrado, optó por incorporarse a un partido politico para intentar un cambio en el país que lograra imponer la superioridad del imperio de la ley y el respeto y aplicación de la Constitución. En 2005, la coalición de los cuatro partidos que agrupaban a la oposición obtuvo un tercio de los escaños del Parlamento, a pesar de las numerosas irregularidades denunciadas durante el proceso electoral.

Tras las elecciones, Birtukan Mideksa, junto a un centenar de dirigentes políticos de la oposición, fue encarcelada y condenada a cadena perpetua, acusada de intentar derrocar el orden constitucional. Tras cumplir 18 meses de cárcel los condenados fueron amnistiados y puestos en libertad.

Tras su libertad, participó en la creación del partido Unión para la Democracia y la Justicia. Pero en 2008 fue revocada esta puesta en libertad y, de nuevo, fueron llevados a prisión para cumplir la condena de cadena perpetua.

Merera Gudiña, líder de la coalición de oposición Foro para el Diálogo Democrático (FDD - Medrek), declaró ante una audiencia durante una visita a los Estados Unidos en noviembre de 2009 ", Birtukan Medeksa va a ser el Mandela de Etiopía" Muchos de sus partidarios comenzaron a referirse a ella como la Aung San Suu Kyi, de Etiopia. En diciembre de 2009, Amnistía Internacional denunció la prisión de Birtukan Mideksa como "injusta y políticamente motivada". Se lanzó una campaña internacional exigiendo su liberación y el 6 de octubre de 2010, Birtukan fue puesta en libertad.